Зачатьевский монастырь был основан в 1584 году при поддержке Фёдора Иоанновича. Между 1584 и началом Смуты здесь были выстроены каменный собор Зачатия св. Анны и Богородице-Рождественская церковь, пережившие разрушения 1612 года.
Парадные ворота с надвратной церковью Спаса Нерукотворного были выстроены в 1696 на средства стольника А. Л. Римского-Корсакова. Его род издавна владел землями по соседству, и Спасская церковь стала их «домовым» храмом; вплоть до закрытия в 1924 она была не монастырской, а приходской. Входное крыльцо на галерею первоначально находилось внутри монастырских стен; внешняя двухмаршевая лестница, дошедшая до наших дней, выстроена в 1724 специально для Римских-Корсаковых.
Зачатьевский монастырь на карте Москвы 1739 года:
В 1766 была выстроена церковь над могилами Иулиании и Евпраксии, во имя иконы Божией Матери «Неопалимая Купина» (разобрана в 1887 в связи с включением объёма церкви в придел Аннинского собора).
В 1804 древний собор зачатия св. Анны был сломан, и на его месте в 1805—1807 выстроен новый неоготический собор Рождества Богородицы с приделом Зачатия святой Анны, освящённый лишь в 1813 году. Авторство собора, обычно приписываемое М. Ф. Казакову, документально не установлено.
В 1844—1850 внутри стен была выстроена богадельня с церковью Сошествия св. Духа под византийским куполом по проекту М. Д. Быковского. В 1912 году по заказу монастыря архитектором Л. В. Стеженским на Никитском бульваре был построен доходный дом.
В 1922 монастырь был разграблен, но продолжал действовать; 16 марта 1925 здесь отслужил последнюю службу патриарх Тихон, умерший девятью днями позже. В 1927 монастырь был закрыт; здесь, в числе прочих учреждений, помещалась тюрьма и детская колония. Внутренние постройки, кроме богадельни, были снесены, а на их месте выстроено школьное здание; храм Сошествия Святого Духа был изуродован до неузнаваемости. Надвратная церковь, объявленная архитектурным памятником, была отреставрирована в 1960-е годы.