В середине XVI века передан для временного пребывания греческим монахам, а в 60-х годах XVII века пожалован им навечно за привезенную в Москву копию иконы Иверской Божьей Матери. С этого времени к названию монастыря добавилось слово Греческий.
В начале XVIII века был полностью перестроен на средства князей Кантемиров. В Никольском монастыре находилась их усыпальница, в ней был похоронен поэт А.Д. Кантемир.
Николо-греческий монастырь на плане Москвы 1739 года:
- Монастыри:
3 — Богоявленский; 4 — Спасский; 5 — Никольский Греческий; 6 — Знаменский.
Николо-греческий монастырь на плане Москвы 1888 года:
После Октябрьской революции монастырь был упразднен, единственный храм монастыря - собор Николая Чудотворца был разрушен в 1935 году, остальные здания перестроены.
Собственно говоря, от монастыря осталось только здание монастырского доходного дома, находящегося по адресу: Никольская улица, 11. Это здание было построено в 1902 году. Над ним возвышается бывшая колокольня монастыря. Под колокольней находилась часовня Святого Николая. Помещение часовни и сейчас еще выделяется на фасаде здания.