В 1665 году по указанию царя Алексея Михайловича при монастыре была открыта школа для обучения "латыням", которую возглавил Симеон Полоцкий. В конце XVII- начале XIX веков Заиконоспасский монастырь являлся одним из центров Русского просвящения.
В 1687-1814 годах здесь размещалась Славяно-греко-латинская академия, ставшая первым высшим учебным заведением в России. Собственно говоря, статус академии заведение получило в 1701 году, а именоваться "Славяно-греко-латинской" академия стала лишь с 1775 года. Академия имела характер духовного училища, причем ректоры Академии являлись одновременно и настоятелями монастыря. Однако вместе с тем здесь давалось и самое широкое общее образование. В Славяно-греко-латинской академии учились М.В.Ломоносов, автор первого русского учебника "Арифметика" Л.Ф.Магницкий, поэт А.Д.Кантемир, архитектор В.И.Баженов, географ С.П.Крашенинников.
Заиконоспасский монастырь на плане Москвы 1739 года:
- Монастыри:
3 — Богоявленский; 4 — Спасский; 5 — Никольский Греческий; 6 — Знаменский.
Заиконоспасский монастырь на плане Москвы 1888 года:
Впоследствии в Заиконоспасском монастыре размещалось Московское духовное училище.
Заиконоспасский монастырь много раз перестраивался, поэтому здание бывшей Славяно-греко-латинской академии не сохранилось.
После Октябрьской революции монастырь был закрыт.
Здания, занимаемые ранее Заиконоспасским монастырем,- это дома 7 и 9 по Никольской улице: палаты XVII века ("Учительский корпус") и корпус училища (1822-26). К сожалению, в 1924 году была снесена колокольня монастыря, возвышавшаяся над домом 9.
Во внутреннем дворе находится главная достопримечательность Заиконоспасского монастыря - Спасский собор (собор Спаса Нерукотворного), построенный в 1660-61 годах и перестраивавшийся в 1717-20 и 1742 годах.
В настоящее время Спасский собор монастыря передан церкви и в нем ведутся восстановительные работы.